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バグ

PCが調子悪くなった関係で、UDをDドライブに移して動かしている。
どうも時々バグリザルト吐いてるっぽい。
基本的には普通に提出してるようなので、とりあえず放置しているがいったんアンインストールした方がいいのかなぁ・・

ちょっとめんどくさいと思っていたり。
もうしばらく様子を見ようかな。
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紹介

生きて、生きて、生きる。
http://s03.2log.net/home/minusplus/archives/blog230.html


。・゚・(ノД`)・゚・。うぉぉぉぉぉん

例え今 親が健康だとしても、いつ何があるかわからない。
失くしてから後悔したって遅い。
できるうちにできることをしよう。

そしてとにかくUDを回そう。

ロゼッタとUD

前に書いた、
Human Proteome Folding Project(ヒトプロテオーム フォールディング プロジェクト)(以下プロテオーム研究。これ用のアプリがロゼッタ)
United Devices Cancer Research Project(抗がん剤開発プロジェクト )(以下UD)
この二つの関係についてなんか説明してみんとする。うまいこと言えないと思うだけど。
公式ページGRID ORGを見ていただくのが一番間違いないのは言うまでもない。


どちらも、Grid.orgプロジェクトのひとつです。

UDに参加すると、がんとプロテオームの両方、またはどちらかを選択して片方だけを解析することが出来ます。UD Agentをダウンロードすれば、別途にロゼッタをダウンロードする必要はありません。(ただし、プロテオーム研究の方はPCのメモリが256MB以上など参加の条件が少々厳しいです。)もちろんPC上で立ち上げられるクライアントソフトは一つだけなので、同時に解析できるということではありません。
どちらかの計算対象しか送られてこなくなるか、その時その時は選べないけどどちらの計算対象も送られてくるか、設定できるということです。

そして、最初からプロテオーム研究のみに参加することもどうやら可能なようです。この場合は、選択の有無もなくがん研究には参加できない、てことでしょう…ね。こちらは自分も参加していないのでますますわかりません。ゴメンナサイ。
ということで、詳しく知りたい方は上記GRID ORGページと合わせて↓どうぞ。。。
World Community Grid

以上になります。


別物ぽいものをただ一緒くたに書いていたので、ナンチャッテでも一度説明をしておきたかったのデシタ。

一周年

ふと気づけば、UD AgentのひとつのIDで(いくつかあったり・・モゴモゴ)CPU Timeが一年でございますわ。
オメ>自分。

雨の日も風の日も熱帯夜も(ヤメロ)猛吹雪の日も、よくがんばった!>PC
そしてこれからもがんがろう!>二代目PC


UDって何?(前にワタシが書いたエントリ)

UD って何?

・はじめに
ここで書いていることが以下で紹介されているプロジェクト、クライアントソフトの全てではありません。当然ですが、プロジェクト本体とも何の関わりもなく私個人が基本的なことを紹介しているに過ぎませんのよー。


・UD とは

United Devices Cancer Research Project が略されて「UD」と呼ばれています。ただ、「UD」だけだとユニバーサルデザインと間違いやすいので注意ですね。(何に?)


・United Devices Cancer Research Project とは

グリッドコンピューティングによる抗がん剤開発プロジェクトです。
もう少し詳しく言うと、United Devices 社が提供する分散コンピューティングクライアントソフト『UD Agent』を使って、世界中のパソコンの余った処理能力を利用してがん治療薬の研究・調査を行おうというプロジェクト、です。ゼエゼエ
このプロジェクトは、米国のユナイテッドデバイシス社のシステムを利用する、英国のオクスフォード大学の化学部、米国のがん研究国立基金の研究です。

公式ページ(英語です)
GRID ORG - Cancer Research Project -

・詳 し く

分散コンピューティングクライアントソフト『UD Agent』が、がんの進行に関係するタンパク質と、その働きを邪魔してくれそうな分子の相性を計算で確かめます。
がん腫瘍の発生、転移等のメカニズムに関与している蛋白質と、あらかじめスクリーニングを施した薬剤成分の分子候補との間で発生する結合能力を検証(バーチャルスクリーニング)しているということです。


・UD Agent

少しの条件(Windows限定(98以降)とか、RAM:48M以上とか)はありますが、誰にでもダウンロード、インストールできます。このソフトのダウンロードがプロジェクト参加への第一歩です。このソフトは自動的にスタートアップに登録され、パソコンが立ち上がっている間中計算を続けます。

UD Agentを起動しているとCPUの使用率は常に100%になります。例えばパソコンで他の何かの作業をしていてCPU使用率が95%だったら、UD Agentは残りの5%を使って計算をします。他の作業でのCPU使用率が5%だったら、UD Agentは残りの95%を使って計算をします。パソコンの余った処理能力を使って、とはそういうことです。
もちろんスタートアップから外すことも、アンインストールも、ソフトを止めることもできますよ。

計算をする対象と計算した結果はインターネットを通じて受け渡しされます。「宿題」なんて呼ばれていたりもします。
上でも書きましたが、渡されるのはがん関連タンパク質と作用物質の候補の分子の情報で、それらの結合能力を確かめる計算を行い、計算が終わったらその結果を送り返します。その時また新しい計算対象の情報を渡されます。
これらのことは、常時接続であれば自動で行われる為、こちらがするべきことはありません。常時接続でない場合は、ネットに接続する必要がありますね。

というわけで、インストール・登録をした後は特に何もすることはありません。通常通りパソコンを使うだけです。(計算対象が渡されてから返すまで一応期限があるので、一日30分程度しかパソコンを立ち上げない方はチョット厳しいかもですが、週に数時間立ち上げるなら問題ないと思われます)


・参加の前に留意すること

* 計算とか検証とか解析とか、言い方は色々あるようですが、同じUD Agentが行う作業のことです。(´-`).。oO(コトバってムズカシイ…
* UD Agentはパソコンの計算力をフルに使うので、その分だけ電気代は多くかかります。(´-`).。oO(地球には少し優しくないカモ…
* 常時接続ではない方は、解析データのやり取りに電話代もかかります。
(;´-`).。oO(電話代でイインダヨネ…?
* このプロジェクトへの参加は当然ながら義務でもなんでもなく、自分の意志で行うボランティアです。(´-`).。oO(なんもモラエナイヨ…
* 参加するのは、ご自身の責任でお願いします。(´-`).。oO(キホンダネ…
* 自分が管理しているパソコンにのみインストールしましょう。学校とか会社とか、他に管理者がいるパソコンへは駄目ですよ?(´-`).。oO(外国でクビになった人イルシネ…他のプロジェクトだけど。SETI(宇宙人探査プログラム)だったカナ…
* パソコン・ネット初心者の方にはお勧めしません。(´-`).。oO(基本的なことを覚えてからがイイトオモウ…
* 登録画面・登録するとできるメンバーページ・UD Agent本体等のプロジェクトに関わる公式のものは、全て英語です。(´-`).。oO(日本には公式ページがないノデス…
* 少しでも疑問のある方は、全て納得するまで調べてみましょう。(´-`).。oO(英語読めると一番イイネ…
* 参加の前に、下のほうでリンクしている2つのサイトにも是非目を通してください。上段のサイトの方がよりわかりやすいです。(´-`).。oO(公式じゃないけど信用できるトオモウ…
* 納得できない・面倒くさい・英語嫌い・・な方は、参加しないのが一番です。(´-`).。oO(当たり前過ぎてゴメンナサイ…


・参加方法

UD Agentをダウンロード・インストール・メンバー登録するだけです。
メンバー登録とは、メンバーネーム(IDのようなもの)とパスワードだけ設定すればいいような簡単なものです。登録すると、自分のメンバーページができ、ログインして見ることができるようになります。

ここで参加方法を説明するのは困難なので、わかりやすい説明のあるサイトを紹介します。
とあるチームのサイトですが、もちろんそのチームへの加入を勧めるわけではありません。わかりやすいから、です。
※チームについては下に。

UD-Team2chWiki
こちらのサイトの「UD導入ガイド」のページへ。
よく読みながら、ゆっくりどうぞー。


・チームって

このプロジェクトでは、参加者でチームを作ることができます。既存のチームに加入するも脱退するも、新しくチームを作るもチームに加入しないも自由です。
なぜチーム制を導入したのかは謎ですが(ゴメンナサイ)、プロジェクト参加にひとつの楽しみを加える為と思ってよさそうです。

計算結果を返すことによって、返した数・いくつかの要素から算出されたポイント(貢献度のようなモノ)・UD Agentを起動していた時間が各メンバーごとに累積されていきます。(自分の数値はメンバーページ、UD Agent本体で見ることができます。)
チームでは、そのチームに加入している個人の数値が合算されチームとしての数値になります。このチームごとの数値を競うような形で貢献を楽しむような面もあるのです。

チームの種類、母体はさまざまで、個人・企業・友人同士・サークル等々なんでもありです。(多分)
日本人が作ったチームもいくつかあります。興味があれば調べて加入してみてはいかがでしょう。


・余談

チームごとの貢献度で現在の一位は、Team 2chというチームです。このチームは日本のかの有名な巨大掲示板群2ちゃんねるユーザーの有志によって構成されています。チームのメンバー数、各数値全てにおいて一位の地位にあります。

参加方法で紹介しているサイトも、そのチームの有志によって運営されています。ですが重ねて申しますが、そのチームへの加入を勧めているわけではありませんので・・もちろん加入するなというわけでもありません。立派なチームだと思っています。そして私は加入しています。ふほほ。

また、このプロジェクトに参加している人数は、全世界で120万人を超えています。その全員のUD Agentを起動していた時間を合計すると、なんと38万年以上にもなります。途方もないですね。

<<追記>>UDとロゼッタの関係についてのエントリ


さて。ハァ・・ハァ・・
紹介はここまでです。長っ
ここまで読んで下さった方、ありがとうございました。また、お疲れ様でした。
UDって何なのよ?という方は結構多いのではないかと思いまして、拙いながらも大まかに紹介してみました。間違いがありましたら指摘していただけると大変ありがたいです。(添削も大歓迎です!)興味がおありの方は下記サイトで詳しい事を読んでみていただけたらと思います。中途半端ですみません。m(__)m
勝手ながら以下のサイトを参考にさせていただいました。ここの文章は、それらのサイトからの引用、つなぎ合わせがかなりあります。お世話になりました。
UDがん研究プロジェクトについて
Crunching@2ch - grid.org Cancer Research Project @ Team 2ch

ちなみに上段リンクのサイトはチャンネラ向けver.もあります。
最後になりますが、私もプロジェクトに参加していますが全容を説明できるほど詳しくはありません。ただ、このプロジェクトを知る人、参加する人が増えてくれたら嬉しいなーてな感じで、私なりにがんばって書いてみました。しない善よりする偽善、無理せず自分のできる範囲で、の気持ちです。

#なんだかんだと9時間・・(T∀T)バカッテツライネ

Human Proteome Folding Project(ヒトプロテオーム フォールディング プロジェクト)

天然痘解析の完了に伴い、11月17日から新たにHuman Proteome Folding Project(ヒトプロテオーム フォールディング プロジェクト)が始動しました。
http://www.grid.org/projects/hpf/

ヒトプロテオームのFoldingプロジェクトは、ヒトゲノムのシーケンス・データを、そこにコード化された蛋白質がどのように機能するかを予測するために分析します。
蛋白質は直接人間の健康に影響し、疾病治療を開発する際に重要な対象であるので、それらの構造および機能の理解は重大かつ危急のことであります。
現時点では、人間の蛋白質構造は断片的にしか知られていません。
このプロジェクトは、既知の蛋白質構造の数を劇的に増加させ、2005年末までに、一層の研究用に、このデータが科学者に利用可能になるよう、努力していきます。




このプロジェクト用のアプリケーションがロゼッタ。
プロテオームって?とか詳しくはこちら

<<追記>>UDとロゼッタの関係についてのエントリ

このアプリはメモリを食うらしいってことで先日、試してみた。
幸いにして、うちのPCでは特に不便を感じることもなく、宿題ひとつ完了させた。他に特に重い作業をしているわけでもなかったし。NEW PC万歳!
インターフェースを眺めながら、おぉこれが噂のカラフル画面かーと感動しつつ、病巣みたいでイヤかも・・・とかとか。
堪能したので、設定を再びがんオンリーに戻しましたとさ。
ワタシにとっての第一目的はがんの解析を終了させることだからサー。
本当に、いつ終わることやら・・・

ロゼッタ

うちにはなぜロゼッタタンは来ないんだろう?
と思ってたら、がんオンリーにしていたからだった。
(そりゃ来ない

UDmonitorのキャッシュのひとつをロゼッタOKにしてみた。
週末くらいには対面できるかしらドキドキ。。。


なんの話?
UDがん研究プロジェクトについて
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